Ja, die Geschichte im Anime ist wirklich traurig, und man wünscht sich da wirklich ein anderes Ende. (Auch wenn ich Naru und Umino total passend finde.

)
Zu bedenken ist aber, dass die Story nicht Canon ist, auch wenn sie zweifellos sehr, sehr schön ist. Canon (oder sowas in der Art) wären Neflite und Makoto, ein Pairing, das ich persönlich ziemlich gern habe.
Ich glaube, dass das Anime-Team die Geschichte mit Naru und Neflite erfunden hat, um dem Ganzen ein bisschen mehr Dramatik zu verleihen und nochmal eine Romantik-Note einzubringen, was ja auch gelungen ist. Ich mag die Geschichte sehr gern, sie geht wirklich ans Herz, auch wenn ich die Senshi und die Shitennou als Paare noch lieber habe.